Люси не любила эти рожки и на протяжении всего аниме все утверждают, что рогамтым не место среди людей. То, что Люси теряет свои ржки, делает её человеком (внешне) и, возможно, это символика того, что и в душе она теперь человек. А так как Ню - это "девочка из (их) прошлого", то скорее всего вернулась именно она.

Отрывок в конце 13ой серии когда она остаётся со спецами, показали только два вектора, значит потеряв один рог она потеряла половину векторов

Что касается концовки так она сделанна просто потрясающе и я бы сказал даже весьма грамотно. Вкоце за дверью появляется силуэт Люси (или Ню кому как нравится) прекращает играть шкатулка, пошли старинные часы которые раньше были сломаны. Столько предзнаменовений мне кажется это всё не зря.

Хм... Я бы с этим не согласился Люси и Ню это одно целое. Вкрайнем случае может исчезнуть Ню но не как не Люси, ведь Ню появилась в результате травмы головы Люси и является ни чем иным как психологическим растройством Люси. Вопрос ичезновения Ню лиш вопрос времени.

P.S. Кстати вспомни реакцию Вонты на силуэт появившийся за дверью. Так она реагировала лиш на Люси на Ню она врятли стала бы лаять.